將動植物組織制成勻漿，在適當的懸浮介質中用差速離心法可以分離細胞線粒體。在一定的離心場中(選用離心機的一定轉速)，球心顆粒的沉降速度取決于它的密度、半徑和懸浮介質的黏度。在一均勻懸浮介質中離心一定時間，組織勻漿中的各種細胞器及其他內含物由于沉降速度不同將停留在高低不同的位置。依次增加離心力和離心時間，就能夠使這些顆粒按其大小、輕重分批沉降在離心管底部，從而分批收集。細胞器沉降先后順序是細胞核、線粒體、溶酶體和其他微體、核糖體和大分子。

懸浮介質通常采用緩沖的蔗糖溶液，它較接近細胞質的分散相，在一定程度上能保持細胞器的結構和酶的活性；pH7.2的條件下；亞細胞組分不容易重新聚集成團，有利于分離。整個操作過程樣品要保持在0℃~4℃，避免酶失活。

細胞器標記酶的測定是評價細胞器內膜組分和分離純度的主要依據，如線粒體內膜上分布有細胞色素氧化酶，該酶使詹納斯綠B染料保持在氧化狀態呈現藍綠色從而使線粒體顯色，而胞質中的染料被還原成無色。

詹納斯綠B是一種活體染料，能對動、植物的細胞或組織在活體狀態下進行無毒害的染色。由于染料(堿性染料)的膠粒表面帶有陽離子，酸性染料的膠粒表面帶陰離子，而被染部分本身具有陰離子或陽離子，這樣，它們彼此之間發生吸引作用，染料就被堆集下來。染色法可以顯示出活細胞內的某種天然結構存在的真實性，而不影響細胞的生命活動和產生任何物理、化學變化以至引起細胞的死亡。

差速離心：使用湘智高速冷凍離心機， 將0.34 mol／L蔗糖溶液4.5mL放入離心管，然后沿管壁小心地加入4.5mL鼠肝勻漿覆蓋于上層。用冷凍控溫的高速離心按下圖順序進行差速離心。